En 1567 el maestro de obras Quinto Pierres Vedel inició la reforma, seguramente sobre una nueva planta, un original templo de ladrillo y piedra, dedicado a Santa María. En su nave se alternan elementos góticos y mudéjares, así como retablos y capillas de gran calidad, alguno de los cuales (la tabla dedicada a la Virgen de la Leche) fueron expoliados y actualmente se conservan en el Museo Nacional de Arte de Cataluña. En la primera capilla del lado del Evangelio podemos admirar la capilla de la Comunidad de Albarracín.
El templo conversa referencias a la orden de Santo Domingo, ya que junto con la Torre de doña Blanca formó parte del convento erigido por estos religiosos desde el siglo XVII al XIX. La torre, asociada con la leyenda, fue la biblioteca del monasterio.
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