El museo ocupa las salas originales del hospital vertebradas en torno a una gran escalera central, característica de la arquitectura de Albarracín del siglo XVIII que recibe la luz a través del lucernario. Al fondo se localizan la letrinas curiosamente alojadas en un volado que vertían por un canal escavado en el pequeño patio trasero. Cabe mencionar el sistema de ventilación y calefacción que se extiende por determinados orificios para acondicionar el edificio. Destaca también la última planta que fue un gran granero, con grandes pilares que sostienen la estructura del tejado por tirantes, cabrios, machones… formando un bonito juego de apoyos.

En el aspecto expositivo, merece una mención especial su primera planta, en la que se acerca al mundo musulmán y medieval de Albarracín, con importantes piezas de época islámica (cerámicas diversas, huesos decorados, metales y monedas, lápidas en rodeno, capitel, esenciero…), y cristiana posterior (fuero de Albarracín, monedas, cerámicas diferentes, y por ejemplo, la reproducción de sellos episcopales), la mayoría extraídas de la excavación arqueológica del castillo. Por su importancia destacamos sobre todo, la importantísima colección cerámica del siglo XI.

Se expone también el Fuero de la Ciudad del Siglo XIII y su estandarte del siglo XIV que le han dado gran singularidad a esta Ciudad.

En la espectacular bajo-cubierta se recoge el periodo moderno y contemporáneo de Albarracín, con escenificaciones varias, alusivas a los recursos y modo de vida del territorio. Además de un telar, un hogar y un despacho, destacan los elementos cerámicos y el estandarte de la ciudad del siglo XVI.

En la planta de acceso se localiza el zaguán de entrada, y las salas donde se introduce el territorio. Otras salas se destinan a exposiciones temporales de entidad, con las que completar el disfrute de este museo. Cabe destacar las últimas sobre la forja en Albarracín, sobre todo la del maestro artesano Adolfo Jarreta, exposiciones realizadas por el estudio de Carmen Martinez Samper.